コスト度外視ならUltra320SCSIのドライブを購入してきて2940U2に接続して
使用できると思いますが、特別な信頼性が必要というのでなければ下記のような
変換アダプタに一般的なIDEのHDDを接続して使用すれば安上がりではないでしょうか。
http://www.century.co.jp/products/suto/chb35.html

下記のような外付けタイプ(こちらも恐らく中身はIDEドライブ)なら入手性も良いと思います。
http://buffalo.melcoinc.co.jp/products/catalog/item/d/dsc/index.html

まず確認なのですが、HDDは本当に2940"U"の方につながっているのですか？
2940"U"ですと内部は50pinのコネクタしかないはずですから、68pinのコネクタ
を持つMAJ3091MPは、68pin->50pin変換アダプタなどをかませて接続しているこ
とになりますが？ おそらく2940"U2"のほうにつながっているかと思います。

で、増設のHDDについてですが、現行のU320SCSIのHDDでも68pinのものであれば
2940"U2"でそのまま接続できます。ただし、転送速度は2940"U2"の規格の上限
80MB/secに制限されます。
要は、購入時に"68pin"のものを買えば問題ないはずです。"SCA2 80pin"のものも
ありますが、こちらはそのままでは（変換アダプタが必要）使えません。ただし、
現在使用しているHDDが（まずないとは思いますが）ホットスワップベイを利用し
て接続されているのであれば、逆に"SCA2 80pin"のものが必要な場合もあります。
コネクタの形状には以下のサイトを参考にしてください。
http://www.atmarkit.co.jp/fpc/cableconnecter/indexpage/

また、その他の注意点としては、
1) ケーブルに空きコネクタがまだ残っているか。
-> すでにHDDを2台接続していらっしゃるみたいですが、空きはありますか？
2) 電源容量に余裕があるか。
-> HDDを3台内蔵することになると電源容量が心配です。

まあ、信頼性を重視したいのであればSCSIも良いかと思いますが、おおたさんの
おっしゃるとおり、IDE HDDの方がコスト的に有利ですね。
また、シリアルATA接続になりますが、SCSI HDDに匹敵する信頼性をもつHDDが
Western Digital社から出ています。（値段はSCSIとパラレルATAの中間くらい？）
http://www.wdc.com/jp/products/Products.asp?DriveID=40

qwertyさんのご指摘どうりＵ２につながっていました。
これで課題が解決しそうです。
ご親切な皆様どうも有難うございました。

ちょっとアドバイス。

CenturyのCHB35INT2を買う時は
「2」の付いていないCHB35INTを買ってしまうと
CHB35INT2の約７０％の速度しか出ません。

又、内蔵で使う場合なら
ACARDのAEC-7720U(50Pin)やAEC-7720UW(68Pin)を
お勧めします。
CHB35INT2よりは早いですよ。
http://www.acard.com/jp/product/scside.html