ソフトのヘルプを読む癖をつけましょう。
Windows 95/98やWindows NTなどの新しいシステムでは深い階層のフォルダを作成できますが、Windows 3.1やMS-DOSなどの古いシステムとその互換性維持を目的としたISO 9660の規則では、フォルダの階層を8階層までと定めています。Windows以外のシステムで使用する場合は、あらかじめこの規則に従ったデータを用意しておいてください。と書いてあります。
私が思うにはフォルダを分けたほうがいいのではないでしょうか。
パケットライトで書き込むか、ＩＳＯ９６６０イメージで取り込むか、
バックアップをすれば書き込めるのではないでしょうか。
ライティングソフトは、いろいろありますが、
どれもメリット、デメリットがあります、自分が一番使いやすいのを
探すしかないでしょう。
まぁＷＩＮＣＤＲはビギナーにとって使いやすいと思いますよ。解かりやすいし。

アスラーダ改さん,ありがとうございます。
一度はヘルプを見たのですが、捜しようが悪かったのか見つけることが出来ませんでした。再度確認したところ、おっしゃる通り、ありました（汗）
８階層設定を１０階層にしたところ、コメントが出てこなくなりました。
ヘルプを読む癖・・・痛いところをつかれました。その通りですね。