>ちなみにCSVファイルはperlプログラムから生成しています。

そのPerlプログラムでCSVファイルを生成するときに
「LF」コードを書き込むようにするのがいいんでは？

Excelで読み込む時点でそういう加工をしたいというのであれば、
CSVを解釈して読み込むVBAを作成する必要があるでしょう。
VBAが組める人にはそれほど難しいことではありませんが、
セル内改行させる為だけに作るのはちょっと面倒でしょうかね。

perlスクリプト中にて、通常改行部分は「\r\n」、セル内で改行させたい部分には「\n」を
出力させてみたのですが、出来上がったCSVファイルをエクセルから開いてみると
両者部分共に改行として認識されてしまっていました。
実行環境がUNIX、エクセル環境はWindows2000＆エクセル2000です。
gzipしたりtarしたりして持ってきても結果は変わり有りませんでした。
どなたか解決方法や、実際にこのような変換をしたことのある方がおりましたら
お知恵をお貸しください。宜しくお願い致します。

セル内改行のあるセル部分をダブルクォーテーションで囲うことで
解決致しました。