TAのアナログポートって、ISDN接続するための物じゃなくて、普通の電話機
やFAX機器を繋ぐための物だと思いますけど…。

そこにノートPC（アナログモデム）を繋いだ場合は、当然ながらISDN接続
じゃなくて従来通りのアナログ接続（最高でも56kbps）になるハズですから
今までそれで繋いでいたなら、ISDNじゃなくてアナログで繋いでいたのでは？

ノートPCでISDN接続したいとなるとPCカード型のISDNカード(TA)を使って接続
することになると思いますが、既にあるTAを利用するならルーターを利用
して（あるいはルーター機能を内蔵したTAを使って）、LANとして双方の
PCをルータに繋いでISDN回線に繋ぐのが一般的と思います。

↓単独で繋ぐ場合はこんな風
・ISDN
　http://www.giganet.net/isdn/isdn-set.html

↓DSLでの例ですが、ISDNの場合も理屈は同じ
・ノートPCをネットに接続する
　http://allabout.co.jp/computer/notepc/closeup/CU20010908/

↓ルーター機能を持ったTA（DSU内蔵）ダイヤルアップルーターの例
・第4回　常時接続インターネットへの第一歩「ISDNダイヤルアップ・ルータ」
　http://www.atmarkit.co.jp/fpc/netdevice/004netdevice/isdnrouter.html
・YAMAHA ISDN TA/リモートルータ　ネットボランチ『ＲＴＡ５０ｉ』
　http://www.rtpro.yamaha.co.jp/RTA50i/index.html
・アライドテレシス株式会社　ISDNルーター CentreCOM AR160-AR130
　http://www.allied-telesis.co.jp/products/list/router/ar160_ar130/catalog.html

↓複数台繋ぐ場合の例があります
・フレッツ・ISDN│サポート情報│よくあるご質問│機器・接続方法について
　http://www.ntt-west.co.jp/ipnet/ip/i_support/faq/faq04_01.html

・ＩＳＤＮ、ホーム内ＬＡＮ、２回線('97/7/13)
　http://www.ylw.mmtr.or.jp/~imaizumi/imaiz-tel.html

・ダイヤルアップルータ
　http://e-words.jp/w/E38380E382A4E383A4E383ABE382A2E38383E38397E383ABE383BCE382BF.html
　http://www.pc-view.net/Help/manual/0960.html

↑でコメントされているようにTAのアナログポートにモデムで接続している場合
フレッツISDNには接続できません。

どうしても接続したいのであればノートパソコンの接続先電話番号はフレッツの
専用接続番号（1492）でなく通常のダイヤルアップ接続用アクセスポイントの
電話番号にする必要があります。
＃接続時のユーザ名もフレッツとダイヤルアップは違うと思います。

この場合、フレッツサービスを使用していませんので通信料（電話料金）は別途
かかりますのでご注意ください。
インターネット接続料は別途課金されることはないと思いますがプロバイダ次第
ですので一応ご確認ください。
＃プロバイダのサービスプランによってはダイヤルアップ不可の場合もあります。