それは、「統合配線システム」という名称で企業のオフィスでよく使われている
ものと同じようなことをしたいということでしょうか。
ツイストペアの組を間違えなければ問題ないでしょうが、普通はRJ45にあわせて
8芯のケーブルを複数使うのが一般的です。
管の中にケーブルを通す作業はそれなりに手間が掛かりますから
新築であればなおさらのこと、6芯3Pに拘るメリットは無いように思います。

悪いことは言いません。金が多少かかってもネットワークなどの専門業者に相談しましょう。
　何故かというと、相談内容が何か変です！。「戻し配線でモデム内臓のパソコンをどの部屋に置いてもLAN経由」って電話回線用の配線でＬＡＮは出来ないし（まぁ、似たような配線ですけど違います（というかＬＡＮ用の配線をします））、また、ＬＡＮはモデム使いません。単なる用語の間違えだとは思いますが、（失礼ながら）もし電話線でＬＡＮを組むことができるとお考えなら、知識レベルとして後々問題が発生したときに取り返しが付かなくなります。専門業者に相談することをお奨めします。

さっそくの回答ありがとうございます。
質問の中で少し書き足らなかったことがありますので補足します。
基本的にLANケーブルは各部屋にCAT5をスターで通してありますが、それとは別に電話線をスターで引きたいということです。
　ただモデムの設置場所が確定できない状態ですので家の完成後どの部屋にでもモデムを設置できるような配線をしておきたい考えています。
　小屋裏にはターミナルを設置して電話線の回路を変更できるようにするつもりです。

　xさんの言われる内容は1回線につき8芯の線を1本通さなければノイズ等の問題が発生するという理解でよろしいでしょうか？

違いますよ

まず、10BASE/100BASE-Tのケーブルは本来電話線用のケーブルです。
電話線用と言っても一般家庭ではあまり縁の無い、ビジネスホン用ですが、
昔は、「オフィスで良く使われている電話線を利用してLANが組める」という
のがこのタイプのLANのセールスポイントでした。
電話線といってもピンキリなのですが、
グレードの低いものは電話線やADSLなどにしか使いようが無い。
グレードの高いものは本来の電話線用途にも当然使えるし、ADSLやLANにも使える。
と考えると解りやすいかも。

そのため、企業のオフィスなどでは、「統合配線」と称して
LAN用の8芯ケーブルを施工し、電話にもLANにもどちらにも使えるように
しておくのが一般的になっています。

新築で屋内ネットワークを意識して
というのに、何が悲しくてグレードの低いものを・・・
というだけの話です。

そういうことですか。
アドバイスのとおり8芯ケーブルを通す様にします。
どうもありがとうございました。